二者的區別如下：一、甲溝炎是指（趾）甲及甲床的連接處感染，灰指甲的學名叫甲真菌病，是甲板本身的感染；二、致病菌不同：甲溝炎多數是由於革蘭氏(-)或者革蘭氏(+)細菌感染，引起的少數情況下是由白色念珠菌感染引起的，而甲真菌病是由皮膚癬菌、酵母菌或者黴菌感染引起的；三、治療不同：甲溝炎多數情況下是需要抗生素治療（比如阿奇黴素），甲真菌病予伊曲康唑膠囊口服治療。