肛門溼疹主要以治療病因為主。肛門周圍很多疾病會導致肛門溼疹，比如痔瘡、肛裂、肛漏、肛竇炎等。首先應考慮採用用藥保守治療，用藥包括：第一、抗過敏治療，比如氯雷他定、西替利嗪等。第二、局部用藥，可以使用地奈德乳膏或者曲安奈德益康唑乳膏局部外用。第三、抗生素，當肛周溼疹伴有局部細菌感染時，可以使用抗生素類藥物，比如紅黴素軟膏、百多邦軟膏等。如果經以上用藥保守治療無法控制溼疹症狀，可以使用亞甲蘭，在肛周皮下點狀注射，必要時可以手術治療原發疾病。