消化不良與乳糖不耐受不是一個意思，是完全兩個不同的概念。消化不良一般是指由於餵養不當、餵養的過多、積食，出現消化不良，也就是胃腸道對於過多的食物不能完全消化、吸收，所以臨床上可能會出現腹脹、腹痛、腹瀉等症狀。
乳糖不耐受是指由於乳糖酶分泌的減少或者缺乏，從而導致孩子對牛奶或者母乳當中的乳糖不能夠消化，從而臨床上表現為腹瀉的症狀，但是當給孩子補充乳糖酶或者進食不含乳糖的配方奶粉，腹瀉的症狀就會馬上好轉。