蹠疣的治療首選冷凍治療，但可能需要治療數次，也有的醫療單位用激光的方法。患者也可以局部外用抗病毒的藥物，比如含有鬼臼毒素或者干擾素的外用藥膏或者藥水。對於比較頑固的蹠疣還可以選擇平陽黴素局部封閉治療，也可以考慮用光動力的方法來治療。蹠疣是比較頑固的，所以有的時候不僅是一種單一的方法來治療，也可以幾種方法聯合治療。