由於病情、個人體質等因素不同，所以臨床上並沒有頭皮毛囊炎用什麼藥最見效的說法，但可以使用磺胺類藥物或大環內酯類抗生素進行治療。建議根據個人頭皮毛囊炎的嚴重程度，遵醫囑選擇合適的藥物，有助於發揮最大藥效。
1、磺胺類藥物：磺胺類藥物屬於一種化學合成的廣譜類抗生素藥物，具有較好的抗菌作用，可以抑制金黃色葡萄球菌，而毛囊炎通常是金黃色葡萄球菌感染引起。當出現頭皮毛囊炎時，可以在醫生指導下，使用伊曲康唑膠囊、醋酸地塞米松乳膏、磺胺嘧啶鋅軟膏等磺胺類藥物治療。
2、大環內酯類抗生素：頭皮毛囊炎多因細菌感染引起，使用大環內酯類抗生素可以抑制細菌蛋白質合成，從而達到抗菌效果，包括羅紅黴素膠囊、紅黴素軟膏等藥物。