治療頭皮毛囊炎，當炎症不重，即皮損沒有明顯疼痛時，可採用外用藥物治療，首先是使用抗菌藥物外用，例如克林黴素磷酸脂凝膠，莫匹羅星軟膏，或者是夫西地酸乳膏塗抹。其次，還可以選擇溶液類的藥劑，如皮膚康洗液、複方黃柏洗劑外洗等進行清洗。如果炎症沒有緩解，當疼痛較為明顯時，應當及時就診，在醫生指導下口服抗菌藥物治療。