真菌甲癬的治療應該口服藥物配合外用藥物。口服藥物包括伊曲康唑膠囊，特比萘芬片。外用先用指甲銼磨薄病變指甲，這樣外用藥物才可以更好的發揮治療作用。外用治療甲癬的藥物可以根據情況選擇特比萘芬酊，環吡酮胺酮甲塗劑，複方聚維酮碘搽劑等。甲癬病情頑固，藥物治療療程比較長，一般需要3到6個月的時間才有可能治癒，因為新的指甲生長需要100天的時間，腳趾甲生長週期更長，需要300天左右。