手術治療腋臭的方法主要有兩種，一種是傳統的腋窩梭形皮膚切除，另一種方法就是皮瓣法微創小切口手術。
腋窩梭形皮膚切除即切除長腋毛的皮膚，只要腋毛區域不大，切除是很徹底的，切除後不會再有味道，這種方法雖然效果徹底，但是創傷大，術後恢復慢，疤痕明顯，已被大多數醫院淘汰。
皮瓣法微創小切口手術是目前應用最廣的手術方法，切口長約2-3釐米，通過切口將皮膚翻轉，在直視下剪掉皮下大汗腺，效果徹底，創傷小，恢復快，術後疤痕不明顯，已成為公認最好的手術方法。