乳頭乳暈角化過度症尚無特效治療，可試用0.05%~0.1%維A痠軟膏或角質剝脫劑。有報道用卡泊三醇軟膏治療有效，依據患者的同意可進行局部的手術切除。此外，激光療法及冷凍治療對於較小的皮損也具有一定的作用。
一、藥物治療
1、0.05%~0.1%維A痠軟膏：具有調節上皮細胞及其他細胞的生長與分化的作用，療效不確切，可試用於此病，可減少鱗屑的生成，孕婦及備孕期禁用。
2、水楊酸乳膏：為角質剝脫劑，水楊酸具有抗炎、促進微循環、去除老化的角質的功能，外用於患處，對此病可能具有一定的效果。適用於用於頭癬、足癬及局部角質增生的患者，對本品過敏者及皮膚破潰者慎用。
3、卡泊三醇軟膏：為皮膚外用藥，適用於尋常型銀屑病(牛皮癬)，用於此病的魚鱗型。對本品過敏者、鈣代謝失調患者以及有維生素D中毒症狀者禁用。此外，本品禁與水楊酸製劑合用。
二、手術治療
手術切除：外科切除患處是此病的首選治療方法。如病變只侷限於乳頭，為累及乳暈及乳房者，可進行單純的乳頭的完整切除。如病變累及乳暈，應切開乳房進行手術探查，可對患處做稍微過大的切除，術後可去專科的美容科室進行硅膠填充及移皮。此病很少累及到乳房的內部，如累及可進行整個乳房的切除，恢復後患者可以選擇人工乳房重建。但是此病的患者一般都較為拒絕手術治療，應注意給患者多做思想溝通。
三、物理治療
1、激光療法：常使用強度較大的二氧化碳激光，進行對患處的切除及殺死病變組織，以起到治療的作用，但是不適用於較大的皮損的患者。
2、液氮冷凍治療：將患處的病變組織在短時間內快速凍死，等待痂皮脫落、正常皮膚重新生長出來，以達到治療的目的，對於此病具有一定的效果，適用於較小的皮膚損害。