EB病毒與鼻咽癌、非洲兒童的淋巴瘤發生有密切相關性，被列為可能致癌的人類腫瘤病毒之一。此外EB病毒也是傳染性單核細胞增多症的病原體，非洲兒童的惡性淋巴瘤又稱伯基特淋巴瘤，多見於5-12歲的兒童，發生在中非等溫熱帶地區，呈地方性流行，好發部位為顏面、顎部。兒童在發病前已受到EB病毒重度感染，在伯基特淋巴瘤的活檢組織中，可檢出EB病毒的DNA及核抗原。鼻咽癌是與EB病毒密切相關的常見上皮細胞惡性腫瘤，多發生於40歲以上的中老年人，我國南方，如廣東、廣西、福建等地，及東南亞是鼻咽癌高發區。鼻咽癌的活檢組織中，可檢出EB病毒的DNA結合抗原，其血清中也含有較高滴度的EB病毒特異性抗體。