男科健康體檢根據不同的目的和需求，檢查的項目也會有一些區別。先是體檢，一般都會包括外生殖器外觀的檢查、第二性徵的檢查、生殖器的大小、有無畸形、有無皮膚破潰或破損、有無外觀上性病的可能性。還有就是一些化驗檢查，例如血生化、血常規、血液內激素方面的檢查、前列腺液與精液常規的檢查、傳染病性病指標方面的檢查等等。還有一些檢查項目是針對一些特殊疾病的，例如早洩要做神經誘發電位的檢查，勃起功能障礙要做陰莖血流的檢查，不育症的患者可能還要做更詳細的內分泌檢查，以及精道造影的檢查，懷疑有家族性遺傳病的，還有染色體或者基因方面的檢查等等。