中耳膽脂瘤有先天性和獲得性的兩種。先天性膽脂瘤是因為胚胎時期外胚層胚胎細胞殘留引起的，最常見於顳骨；原發獲得性膽脂瘤是由於咽鼓管功能障礙導致鼓膜內陷袋的形成，隨後上皮碎屑的堆積形成膽脂瘤。外傷或手術導致鱗狀上皮細胞種植於中耳腔可形成繼發性獲得性膽脂瘤。