消化不良主要是功能性消化不良，往往主要是胃腸蠕動異常所導致，主要的症狀就是出現腹脹、打飽嗝，有的時候還會出現便秘，往往可能是與進食過多、過於油膩，甚至吃了冷的東西，然後增加了胃腸道負擔而導致的，通過調整飲食以後，可能消化不良的症狀就會緩解。
乳糖不耐受往往是肌體缺乏乳糖酶，不能對乳糖很好的消化、吸收。乳糖進入胃腸道以後就會促進胃腸道蠕動，甚至促進胃腸道水分吸收而導致腹瀉，比如進食了牛奶以後，就可以出現劇烈的腹痛、腹瀉。如果排除了乳糖的成分，不喝牛奶症狀可能就會緩解，這就是二者的區別。