唇顎裂的發生與多方面因素有關，目前對唇顎裂的病因和發病機制還不完全明確。普遍認為唇顎裂的發生與遺傳因素有關，一個家族中有過唇顎裂患者，其直系或旁系親屬中發生唇顎裂的概率大大增加。當然唇顎裂的遺傳是多基因遺傳，是一種高危因素的遺傳，並不是單基因直接遺傳。其次唇顎裂發生有明確的環境因素影響，比如孕婦在懷孕前三個月出現營養缺乏，尤其是維生素缺乏，容易造成胎兒顎裂。懷孕早期用藥不當，病毒感染，也是唇顎裂發生的重要危險因素。