先天性唇顎裂的病因，目前還不是特別明確，一般認為與遺傳因素和環境因素有關係，遺傳因素表現在唇顎裂，一般會有明顯的家族聚集性，就是顎裂的患者，在他的直系親屬或者是旁系親屬中也會看到有類似畸形的發生。人們認為唇顎裂是一個多基因遺傳病，環境因素，主要是胚胎生長的環境，孕媽媽在孕早期接觸到一些有害的環境物質，使母體受到侵襲和干擾，從而影響中胚葉的發育造成唇顎裂。