遺傳學認為唇顎裂屬於多基因遺傳性疾病。在直系或旁系親屬中，如果發現有唇顎裂的畸形發生那麼其後代就有可能發生唇顎裂的幾率比較高，但這個也不是決定因素。現在一般認為唇顎裂的發病機制病因不完全明瞭，可能是多種因素的影響作用。也就是說，唇顎裂的發生是和精子和卵子有一定的關係，但不是主要的因素。常常還有營養、感染、損傷、內分泌、藥物、物理因素、菸酒等因素有關係。