口腔潰瘍總是發生時，說明得了複發性口腔潰瘍的疾病，複發性口腔潰瘍的病因比較複雜，有明顯的個體差異性。研究發現，口腔潰瘍反覆發作與免疫力低下有關、與遺傳因素有關，父母口腔潰瘍，孩子得口腔潰瘍的幾率也增大。另外偏食、維生素B2缺乏，或者經常進食辛辣、刺激的食物，也會導致口腔潰瘍發作。
女性月經期，由於激素水平的變化、休息不好，也會容易發生口腔潰瘍。應激性變化，比如孩子要考試，或者最近一段時間熬夜、睡眠不好、精神壓力大等因素，也可以促進口腔潰瘍的發生。除了這種口腔潰瘍，如果口腔內發生潰瘍，並且總在某一個位置固定發生，潰瘍旁邊如果存在著小爛牙根，有可能有潰瘍的發生，與爛牙根有關，稱之為創傷性潰瘍。