紅眼病大部分不能自愈，只有少部分病毒感染所導致的紅眼病個別有自愈傾向，一般一個星期左右會慢慢自愈。
紅眼病需要通過藥物治療來縮短病程，謹防疾病的加重。不同病因導致的紅眼病治療方法不一樣，紅眼病治療的時間根據不同的病原體、病情的輕重因人而異。細菌導致的紅眼病一般潛伏期為1-3天，病程多少於三週，通過積極的抗感染治療，例如局部使用廣譜的抗生素眼藥水、眼膏予以輔助治療，可以減輕患者的眼部症狀，適當的縮短病程，經過有效的治療，大部分患者一般在兩週內可以治癒。