沙眼衣原體引起的尿道炎，通常稱之為非淋菌性尿道炎，其臨床的表現一般為排尿時的疼痛及尿道的分泌物，這種分泌物通常比較稀薄，量比較少，可以呈漿液性或者稀薄膿性，大多數可以在晨起時出現。女性通常沒有明顯的臨床症狀，主要表現為白帶增多、子宮的糜爛等。
非淋菌性尿道炎臨床潛伏期通常是在1-3周，平均為10-14天，可以通過性接觸來進行傳播。由於病情發病相對來說比較緩慢，症狀不是很典型，有時容易被延誤或者治療效果不佳。在臨床上可以給予阿奇黴素，或者大環內酯類的藥物進行治療。