兒童角膜炎分為病毒性和細菌性兩種，因為兒童年齡較小，肝腎功能發育不全，所以要考慮用藥安全問題。目前兒童用藥比較安全的抗生素有：妥布黴素滴眼液，左氧氟沙星滴眼液，抗病毒的藥物有：阿昔洛韋滴眼液，以及促進角膜上皮修復的藥物如：小牛血清提取物眼用凝膠，硫痠軟骨素滴眼液以及重組人神經生長因子等藥物。如果兒童角膜炎比較嚴重，還可以給予全身口服抗生素和抗病毒藥物治療。