飛蚊症的治療要根據不同病因進行不同治療，需先做眼科檢查。如果飛蚊症是由於眼器質性病變造成，例如視網膜破孔，需要眼底激光封閉裂孔。如果由眼底出血造成，需要止血治療。還有一些人是因為玻璃體後脫離、玻璃體變性造成，玻璃體後脫離不需要特殊治療，需要密切觀察病情發展，一旦出現器質性病變需要相應治療。
排除了器質性病變之後，單純的飛蚊症不需要治療，沒有特別有效的藥物和手段，僅需要臨床觀察。如果黑影突然增多、視力有明顯下降，或者眼前閃亮光，出現大片紅色、黑色影，需要到門診及時就診，以防止漏掉器質性病變的可能性。