萊姆病性鞏膜炎治療主要是抗生素，可以使用頭孢菌素滴眼液等治療。主要消除誘因，選擇局部或全身應用抗真菌藥物，根據病人的臨床分類，決定療程長短。
一、藥物治療
全身使用四環素類，如多西環素、大環內酯類如紅黴素、青黴素類如青黴素或者頭孢類，如頭孢曲松。眼局部使用抗生素滴眼液，根據病情可以考慮糖皮質激素滴眼液、非甾體抗炎藥物滴眼液等。
二、手術治療
本病無需手術治療。