小兒單心室併發症一般有低氧血癥、心律失常及低心排綜合徵等。當併發症出現時，說明疾病已經是比較嚴重的，此時應該要馬上到醫院做治療，耽誤的時間越久，治療的預後效果越差。可以採用手術的方式做治療，通過手術治療把單心室隔為兩心室。手術治療方法有姑息性手術、心室排外手術等，具體採用哪一種方法醫生會根據患者的病情來給予建議的。