理論上多數單心室都可以通過手術治療根治。但是複雜的單心室手術治療難度很大，成功率不高。比如房室瓣和動脈瓣發育良好，動脈位置異常不嚴重的單心室患者可以通過心室分隔手術治療，而且幾乎都能根治。而同時合併房間隔缺損，主動脈和肺動脈移位，二尖瓣和三尖瓣閉鎖，腔靜脈移位閉鎖或者畸形等等，因為手術難度很大，患兒身體承受能力差，多數治療效果不佳。