原發性膽汁性肝硬化的診斷學標準可以通過免疫學的檢查、病理學的檢查，以及其他的一些血液學檢查來進行綜合的判定。其中免疫學的檢查主要是針對自身的抗體進行檢測，其中抗線粒體抗體高效價陽性是其主要的特徵，另外還包含抗核抗體、抗著絲點抗體等等。可以結合影像學的檢查提示有肝硬化的表現，最終通過病理學的檢測取得活檢，來證實膽小管內非化膿性的炎症、纖維組織增生、假小葉增生、肝細胞再生結節形成，從而確定膽汁性肝硬化的診斷。另外還包含其他的血液學的檢查，如血清膽紅素的升高、鹼性磷酸酶的升高，以及轉氨酶等等的升高，也有部分的患者會合並免疫球蛋白的增多。