嬰兒肝損傷的原因通常有以下幾個方面：第一，比較常見的就是藥物性的肝損傷；第二，嬰兒期器官功能發育不成熟，肝臟比較嬌嫩，常見的病毒細菌感染，如果沒有得到有效的控制，病情加重的話，就會導致肝損傷；第三，嗜肝病毒感染是引起嬰兒肝損傷的常見原因，比如鉅細胞病毒感染、EB病毒感染、Torch感染或甲、乙、丙、丁、戊肝肝炎病毒感染等；第四，遺傳代謝性疾病也可以導致肝損傷，如肝糖原貯積症、希特林蛋白缺乏症等。