心內膜墊缺損主要是考慮手術治療。對於部分型心內膜墊缺損一般在2-4歲間手術。如果有明顯的二尖瓣反流和左側心室結構發育不良如主動脈縮窄，二尖瓣畸形，主動脈瓣下狹窄，應提早手術。完全型心內膜墊缺損，出生後2-4月，已有嚴重的充血性心力衰竭。應在3-6個月前手術，如果推遲到一歲以後再手術就有肺血管阻力，不可逆升高的風險。過渡型心內膜墊缺損手術時間根據缺損大小而定，缺損越大，手術時間應越早，心內膜墊缺損，合併法洛四聯徵和明顯右心室流出道狹窄的需要早期1次手術治癒。