小兒心房撲動主要的預防措施是在小兒出生前，夫妻要做好遺傳諮詢、產前篩查、產前保健；對於已經出生的患兒，要積極治療原發病，同時糾正電解質紊亂，並且減少手術創傷以及術後瘢痕。
1、預防先心病：
（1）遺傳諮詢：因為先心病中有一部分有遺傳傾向，若有家族史者要做好遺傳諮詢。
（2）產前保健：在妊娠早期積極預防風疹、流感等病毒性疾病，孕婦應儘量避免服用藥物，如必須使用，必須在醫生指導下進行。孕婦儘量少接觸射線、電磁輻射等不良環境因素。
（3）產前篩查：孕中期18~22周為先心病的最佳檢測時間。
2、積極治療患兒的原發病：
（1）先心病，先天性心臟病或旁路者大多數手術後房撲可消失。
（2）積極治療心肌炎、風溼性心臟病、甲狀腺功能亢進等疾病。
（3）防治各種電解質紊亂，尤其是低鉀血癥。
（4）洋地黃中毒者立即停服洋地黃製劑，並且糾正可能伴隨的電解質紊亂。
（5）儘量減少手術中的創傷，避免術後瘢痕導致房撲。