小兒心房撲動多因心房肌及傳導系統發育不完善，衝動在心房肌內或經房室旁路產生折返引起。多數患兒有器質性心臟病，以先天性心臟病為主，尤其多見於大動脈錯位並且行手術後的患兒。其他心內手術創傷、瘢痕組織也是本病誘因。其他的疾病，例如心肌炎、擴張型心肌病、風溼性心臟病、病態竇房結綜合徵以及心外因素如洋地黃中毒也可出現小兒心房撲動。
1、心內因素：
（1）先天性心臟病：心房肌及傳導系統發育不完善，尤其是大動脈錯位，還有房間隔缺損、法洛四聯症等先天性心臟病均可造成小兒心房撲動。
（2）心內手術：術後瘢痕組織的形成為小兒心房撲動提供條件，尤其是大動脈錯位並且相應手術的患兒經常出現小兒心房撲動。
（3）其餘疾病：心肌炎、擴張型心肌病、風溼性心臟病、病態竇房結綜合徵等也會造成小兒心房撲動。
2、心外因素：
（1）洋地黃中毒：洋地黃中毒劑量與治療劑量相近，且個體對其敏感性差異較大，容易導致心房異位起搏點興奮性增加，導致小兒心房撲動。
（2）電解質紊亂：低鉀血癥較為常見，此時心肌細胞興奮性和自律性增加，可能導致小兒心房撲動。