很多病毒都可以引起心肌炎，其中以腸道病毒，包括柯薩奇a，b組病毒，孤兒病毒，脊髓灰質炎病毒等為常見，尤其是柯薩奇b組病毒，約佔30%-50%。此外，人類腺病毒、流感、風疹、單純皰疹、腦炎、肝炎病毒以及HIV等都能引起心肌炎。病毒感染心肌的確診有賴於心內膜、心肌、或心包組織內病毒、病毒抗原、病毒基因片段或病毒蛋白的檢出。