反流性食管炎咳嗽的特點，因為它是由於胃和十二指腸內容物反流到食道，對咽喉部產生刺激而引起的咳嗽，所以往往都跟體位有關，是出現在夜間平臥時突發刺激性的咳嗽，沒有明顯的痰。反流性食管炎咳嗽如何判定是由反流引起，還是呼吸系統引起？要根據伴隨的症狀而定，反流性食管炎本身典型的症狀是反酸、燒心，如果患者沒有明顯的反酸、燒心，而以單純的咳嗽為主，診斷應該慎重。
如果患者出現反酸、燒心，並伴有典型的夜間咳嗽、刺激性咳嗽、乾咳，這時應該考慮這種咳嗽是反流性食管炎所引起。當臨床上不容易鑑別時可以用藥物來鑑別，也就是反流性食管炎引起的咳嗽，如果用了促動力藥以及抑酸藥治療，咳嗽的症狀會明顯好轉。但如果反流的症狀好轉，咳嗽沒有好轉，可能顯示咳嗽是由其他的原因所引起。