變異型預激綜合徵本身不引起症狀，治療主要是對於併發快速心律失常的患者，其除藥物治療外，如應用普魯卡因胺、普羅帕酮等，經導管射頻消融術為首選，如出現快速性心律失常時，也可進行電覆律治療，其治療週期短，1周左右出院。
一、藥物治療
藥物治療主要是針對併發的心律失常來進行治療：
1、如併發正向房室折返性心動過速，可以選擇腺苷或維拉帕米靜脈注射，也可選擇普羅帕酮、胺碘酮等.
2、如併發房顫或房撲時，可選擇延長房室旁路不應期的藥物，如普魯卡因胺或普羅帕酮。應當注意的是，靜脈注射利多卡因與維拉帕米會加速預激綜合徵合併房顫患者的心室率，故不宜使用，同時洋地黃製劑縮短旁路的不應期使心室率加快，因此不應單獨用於曾經發作房顫或房撲的患者。
二、手術治療
1、預激綜合徵的外科治療：在導管射頻消融術未開展前，對預激綜合徵進行外科治療，切斷或用無水酒精注射或局部冷凍旁路，取得了較好的療效，治癒率為80%。但是外科手術法由於創傷大，難以廣泛應用，已被導管射頻消融術所取代。僅在某些特殊情況下，例如伴有預激綜合徵的先天性心臟病或後天性心臟病需要手術者，可考慮同時行外科手術法治療預激綜合徵。
2、預激綜合徵的導管射頻消融治療：預激綜合徵經導管射頻消融的適應證：藥物治療無效或病人不能耐受，或不願長期服用抗心律失常藥物控制上述心律失常者；心房顫動或其他快速房性心律失常伴旁路前傳所致快速心室率患者；電生理檢查或消融治療其他心律失常過程中證實的房室折返性心動過速，或心房顫動伴旁路前傳所致快速心室率患者；無症狀的預激綜合徵患者；心房顫動伴有旁路前傳,但心室率不快；患者有家族心源性猝死史；藥物治療有效並能耐受其治療的房室折返性心動過速患者。射頻消融安全性高，射頻消融的成功率可達90%以上。
3、植入型心臟復律除顫器：當藥物治療無效或導管射頻消融失敗時可考慮應用植入型心臟復律除顫器。
三、其他治療
當變異性預激綜合症出現快速性心律失常，其導致低血壓、心絞痛等明顯血流動力學障礙時，可以立即進行電覆律或電除顫治療，以促使血流動力學快速恢復正常。