馬凡綜合徵目前尚無特殊治療辦法，主要是對症治療。如果患者患有先天性心血管疾病，例如主動脈有瘤或心臟瓣膜疾病，因為酌情考慮手術治療，藥物治療一般效果不明顯，但對於合併心功能不全和心律失常，患者應進行內科治療。合併有雞胸，漏斗胸者，應行外科矯治。眼科的問題，例如晶狀體脫位或者半脫位，也是可以行手術治療的。也有研究發現應用雄激素及維生素對該疾病也是有好處的。