三叉神經痛依據病因分為原發性和繼發性三叉神經痛，原發性三叉神經痛的病因目前為止尚未完全明確，認為三叉神經在腦橋被異行扭曲的血管壓迫三叉神經後根，導致三叉神經後根局部產生脫髓鞘變化，從而引起疼痛發作。繼發性三叉神經痛多有明確的病因，如顱底或橋小腦角的腫瘤、轉移瘤、腦膜炎、腦幹梗死、多發性硬化等。這些疾病可侵犯三叉神經的感覺根或髓內感覺核而引起三叉神經痛，繼發性三叉神經痛多數伴有鄰近結構的損害和三叉神經本身的功能缺失。