慢性反流性食管炎主要以反流症狀為主，常見症狀表現為反酸、燒心、胸骨後燒灼感，噁心、嘔吐、嗆咳、發熱等。飽餐後症狀更重，另外一些隱藏症狀常被誤診為其他疾病，部分患者因食道反流導致夜間胃液逆流至會厭，可出現咽炎症狀。臨床上常誤診為慢性咽炎，還有部分患者胃液經氣管進入肺部，表現為夜間嗆咳和反覆發熱，臨床上常被誤診為肺部感染。