頭痛位置與頭痛病因有一定的聯繫，如緊張性頭痛，頭痛位置在前額、雙側太陽穴或者後枕部，是脹痛，不伴有噁心、嘔吐。偏頭痛是反覆發作的跳痛，位置位於頭部一側，偶爾也可以出現在雙側。
叢集性頭痛位於頭部的一側前額部，累及眼睛，造成球結膜紅腫，疼痛十分劇烈。腦部器質性病變所引起的頭痛是由於顱內壓增高所造成，往往是全腦脹痛。因此，頭痛位置與頭痛病因有一定的聯繫。