頭痛、眼睛痛最有可能是青光眼急性發作，這時除了頭痛、眼睛痛以外，還會出現視物模糊、瞳孔散大等。需要到眼科測量眼壓，應用降眼壓的藥物，並評估是否具備急診手術的指徵。除此之外，能引起頭痛、眼睛痛的神經系統疾病還包括叢集性疼痛、痛性眼肌麻痺，以及海綿竇血栓等等。叢集性疼痛會出現一側眼眶周圍的劇烈疼痛，有時會伴有結膜充血、眼瞼下垂和流淚等情況。痛性眼肌麻痺一般會伴有同側動眼神經的麻痺以及頭痛的症狀，這時可能需要激素來緩解。海綿竇血栓不但出現頭痛、眼睛痛，還會出現上瞼下垂以及滑車神經損傷和麵部麻木、疼痛等症狀，需要做海綿竇的CT來進行確診，然後給予抗炎治療。