胃鏡可以檢查出萎縮性胃炎，在胃鏡下萎縮性胃炎有特徵性的表現，主要是胃黏膜紅白相間、變薄，有的像顆粒樣，還可以透見黏膜下的血管形成灰色的結節，用放大染色內鏡也可以觀察到腺體的萎縮，胃鏡可以檢查出萎縮性胃炎，要在有經驗的內鏡醫生操作下做出診斷。
如果不能夠明確，就可以在胃鏡下取病理、取病檢，取兩塊組織出來做病理的檢查，病理的檢查才可以100％診斷有萎縮性胃炎。胃鏡也是可以診斷的，金標準就一定要在胃鏡下取病檢，來進一步證實。