自身免疫性的腦炎往往累及的是邊緣系統，會影響顳葉、海馬等邊緣系統。邊緣系統受損之後患者會出現精神症狀，所以自身免疫性腦炎常以精神症狀為主要表現來就診，會有類似精神科疾病，像突然間的煩躁、容易激惹、不合作，或者是有幻覺、妄想等症狀。另外患者也會出現頭疼，有些人還會有癲癇發作的現象。自身免疫性腦炎往往是由於自身免疫的異常，對於中樞神經系統內腦細胞表面的抗體或者細胞內的抗體，抗體對腦細胞發生攻擊而產生的症狀。