結腸炎包括急性結腸炎、慢性結腸炎，如果是急性結腸炎，往往是細菌、病毒感染所導致的腹瀉，去除病因、腸道休息後腸黏膜可以很快恢復，往往七天左右就能完全痊癒。還有慢性結腸炎可以見於慢性的感染，但是去除病因以後也能恢復。
有一種特殊的結腸炎叫做潰瘍性結腸炎，屬於慢性的、反覆復發的疾病，分為緩解期和急性期，這種疾病很難痊癒，也就是可以反覆出現腹瀉、膿血便。藥物控制以後大便完全可以正常，腸道的黏膜可以修復，但是一旦飲食不規律或者著急、緊張、休息不好以後，疾病可能再次復發。這種疾病的治療系統、長期，而且用藥維持應該長期。