結腸炎的用藥主要是六個方面：1、免疫抑制劑，一般為抑制炎症反應，減輕症狀，不能縮短病程，用藥需慎重。2、止瀉藥，減少腸炎引起的腹瀉症狀，避免脫水對於潰瘍性結腸炎需要慎用。3、保留灌腸，用於減輕裡急後重症狀，促進炎症、潰瘍的癒合。4、抗感染藥物，根據藥敏實驗選擇敏感抗生素對抗炎症，5、激素藥物，主要是針對潰瘍性結腸炎急性期或是加重期，因為激素伴有不同程度的不良反應應當嚴格掌握適應症。6、鎮靜藥物，因為慢性腸炎患者可能合併不同程度的精神心理因素，需要藥物控制從而提高其他藥物作用。