阿米巴腸病是由於溶組織阿米巴寄生於結腸內，引起的結腸炎症改變。選用抗阿米巴藥物的原則，不但要消除症狀，還要消除其傳染性，才能達到徹底治癒的目的。可以選擇甲硝唑，每天3次，每次800mg，連服5～10天，也可以選擇替硝唑，每天2次，每次1g，連服3～5天，但是可能會有腹部不適、噁心、嘔吐、便秘或腹瀉等副作用。