慢性乙狀結腸炎臨床上是很難治癒的，臨床上容易反覆發作，呈慢性病程。目前慢性乙狀結腸炎病因不是非常的明確，因此沒有有效的根治性方案，臨床治療只是以緩解症狀，提高生活質量為主。首先在日常生活中應當注意飲食，保持舒暢心情，勞逸結合，避免腸道感染，防止菌群失調。臨床上常應用柳氮磺吡啶緩解症狀，急性發作時還可以考慮短期應用糖皮質激素。而如果出現梗阻、穿孔、出血等併發症時，還應當考慮進行手術。但即使進行手術治療，術後也有可能出現復發。