流腦屬於細菌性腦膜炎，多發於冬春季節，大多有皮膚，粘膜瘀點，多以腦膜炎的表現為主，腦實質病變表現並不突出，腦脊液呈細菌性腦膜炎改變，細胞明顯增加，中性粒細胞為主，蛋白質明顯增高，糖，氯化物降低。塗片和培養可以找到細菌。乙型腦炎則以乙腦實質損傷為主要表現，腦脊液的檢查呈漿液性改變，淋巴細胞為主，蛋白質輕度增高，糖、氯化物基本正常。特異性IgM抗體(+)，可以作出鑑別診斷。