乙腦滅活疫苗可有效預防乙型腦炎病毒感染引起的流行性乙型腦炎，由於是死病毒製成的疫苗，不良反應率低。乙腦滅活疫苗注射後一般無不良反應，個別可出現發熱、皮疹、頭暈、注射部位疼痛及出現硬結等不良反應，一般都能自行緩解。發熱是一過性的，以低熱為主，一般不超過兩天可自行緩解。皮疹症狀大多比較輕微，一般不需特殊處理，具體症狀可用爐甘石洗劑防止瘙癢症狀，抗生素防止繼發感染等。