頭部神經痛的治療要根據產生原因進行相關治療，需要行頭顱核磁共振檢查以及頭顱血管核磁共振檢查，排除頭顱本身器質性病變導致的疼痛症狀，之後根據顱神經分佈部位進行治療，常見的是舌咽神經痛、三叉神經痛、蝶顎神經痛、頸源性頭痛。如果是由於舌咽神經痛或三叉神經痛導致，可以進行口服卡馬西平，如果口服藥無效，可以進行相關的微血管減壓手術或神經射頻手術治療。對於重擊性頭痛，輕症患者可以口服藥物治療，重症患者可以行蝶顎神經節的注射治療以及射頻治療等。對於由於頸椎病變導致的頭部疼痛，需要行頸椎的核磁共振檢查，排除頸椎等病變以後，可以進行頸椎的相關治療來緩解症狀。