顱內靜脈竇血栓可以導致嚴重的腦水腫、顱內高壓和繼發性腦出血，在儘快確診的前提下給予有效的治療。首先給予藥物治療，應當積極控制癲癇發作、降低顱內壓、止痛以及抗炎治療，並給予系統的抗凝治療，能夠有效的降低致殘率和死亡率，抗凝治療是靜脈竇血栓的主要治療措施，可給予肝素、低分子肝素或華法林治療。其次，如果嚴格的內科藥物治療無效，並出現顱內壓增高的症狀逐漸加重，腰椎穿刺腦壓在250毫米水柱以上，可以考慮給予血管內機械碎栓治療或者靜脈竇局部接觸溶栓治療等。