兒童胃潰瘍首選是抑制胃酸的藥物，可以選擇H2受體拮抗劑。如西咪替丁、雷尼替丁、法莫替丁，其主要作用是通過抑制組胺，阻滯乙酰膽鹼分泌達到抑酸和加速潰瘍癒合的目的；還可以使用質子泵抑制劑（PPI），常用奧美拉唑；還有一些中合胃酸的抗酸劑，常用的藥物有碳酸鈣，氫氧化鋁，氫氧化鎂等。其次就是胃黏膜保護劑，主要有硫糖鋁、枸櫞酸鉍鉀、加密鎖等。