急性上呼吸道感染大約有200多種病毒可引起，急性上呼吸道感染約有70%-80%是由病毒引起的，包括鼻病毒、冠狀病毒、腺病毒、流感和副流感病毒，以及呼吸道合胞病毒、埃可病毒和柯薩奇病毒。
另外20%-30%的上呼吸道感染為細菌引起，可單純發生或繼發於病毒感染之後，多見於口腔定植溶血性鏈球菌，然後為流感嗜血桿菌、肺炎鏈球菌、葡萄球菌等。針對於上呼吸道感染的治療，目前尚無特殊的抗病毒藥，以對症治療為主，同時要戒菸、注意休息、多飲水、保持室內空氣的流通，以及防治繼發細菌感染。如果已經發生細菌感染，可給予常規的消炎藥，頭孢類的或者喹諾酮類抗生素。