支原體肺炎感染起病緩慢，初期可有數天到一週的無症狀期，繼而出現低熱、乏力、頭痛、咽痛、肌肉痠痛。患者咳嗽明顯，多為陣發性乾咳，夜間較重。
持久的陣發性咳嗽為支原體肺炎較為典型的表現，繼發細菌感染時可伴有黃色膿痰，發熱一般為中等度發熱，部分患者可以出現不發熱，可伴有鼻咽部、耳部的疼痛，少部分患者可以出現呼吸困難。查體中10%-20%的病人可出現皮膚的斑丘疹和多形紅斑等，胸部的體徵並不明顯，與肺部病程不相符，部分患者可伴有乾溼囉音，但是很少有肺實變體徵，也有的患者整個病程中並無任何陽性體徵。